Dalam aplikasi e-Faktur terdapat kolom Referensi. Pada kolom referensi ini, Pengusaha Kena Pajak (PKP) dapat mengisi keterangan apa pun, seperti nomor Invoice komersial, keterangan nilai kurs, dan keterangan lainnya. Keterangan yang dicantumkan dalam kolom referensi ini bukan merupakan bagian dari kelengkapan Faktur Pajak.