Sertifikat elektronik berfungsi sebagai indentias Pengusaha Kena Pajak (PKP) pengguna e-Faktur yang penggunaannya berdasarkan Nomor Pokok Wajib Pajak (NPWP). Setiap PKP hanya memiliki 1 sertifikat elektronik kecuali apabila PKP tersebut mempunyai cabang.
Apabila PKP pindah Kantor Pelayanan Pajak (KPP) berarti NPWP PKP tersebut akan berubah (bagian kode KPP) sehingga PKP harus meminta kembali sertifikat elektronik ke KPP yang baru. Sertifikat elktronik dari KPP lama otomatis tidak dapat digunakan.