Penerbitan Faktur Pajak dengan menggunakan aplikasi e-Faktur ditetapkan sesuai PER-16/PJ/2014 dan KEP-136/PJ/2014 dimana tahapan penggunaan aplikasi e-Faktur dibagi sebagai berikut:
- Per 1 Juli 2014 untuk PKP tertentu.
- Per 1 Juli 2015 untuk PKP Jawa dan Bali.
- Per 1 Juli 2016 untuk PKP Nasional.