Sehubungan dinyatakan lengkapnya berkas perkara (P21) tindak pidana pajak dengan tersangka KLL, telah dilakukan penyerahan Tersangka beserta barang bukti (penyerahan tahap dua) oleh Tim Penyidik Pajak Kanwil DJP Kalimantan Timur kepada pihak Kejaksaan Tinggi Kalimantan Timur untuk dilanjutkan ke tahap penuntutan. Penyerahan tahap dua ini disaksikan langsung oleh Direktur Intelejen dan Penyidikan, Yuli Kristiyono dan Kepala Kejaksaan Tinggi Kalimantan Timur, Amri Sata. Proses penyidikan dilakukan bekerja sama dengan jajaran Direskrimsus Polda sejak Maret 2013 dibawah pimpinan langsung Kepala Kanwil DJP Kaltim, Mohammad Isnaeni. Tersangka dituntut atas pelanggaran Pasal 39 ayat 1 huruf c dan f UU KUP yaitu “Menyampaikan SPT yang isinya tidak benar dan tidak menyelenggarakan pembukuan”. Kedua tindak pidana tersebut diancam pidana penjara paling lama 6 (enam) tahun dan denda paling tinggi 4 (empat) kali jumlah pajak terutang  yang tidak atau kurang dibayar.

Tersangka adalah pemilik UD LJA yang bergerak di bidang perdagangan plywood. Dalam melakukan kegiatan usahanya yang bersangkutan membeli plywood dari pabrikan plywood di wilayah Samarinda antara lain PT HJP, PT SMJ dan PT PKMB. Plywood tersebut sebagian besar dijual antar pulau ke Surabaya dan Makassar dan sebagian kecil ke wilayah Samarinda dan sekitarnya. Berdasarkan hasil penyidikan diketahui bahwa penjualan yang dilaporkan ke kantor pajak tidak mencapai 1 % dari jumlah sebenarnya. Modus operandi tersangka dalam melakukan tindak pidana tersebut yaitu dengan sengaja tidak melakukan pembukuan/pencatatan  atas transaksi kegiatan usahanya dan tidak menyimpan dokumen/bukti sehingga tidak dapat diketahui jumlah penjualan yang sebenarnya kemudian tersangka mengisi SPT dengan nilai yang jauh lebih kecil dari sesungguhnya dengan motif untuk mengecilkan jumlah pajak yang seharusnya disetor.

Kasus ini berawal dari munculnya dugaan adanya sejumlah besar penjualan Tersangka yang tidak dilaporkan dalam SPT melalui sistem pengawasan yang dimiliki DJP. Dugaan tersebut ditindaklanjuti dengan Pemeriksaan Bukti Permulaan (penyelidikan) melalui pembukaan rekening bank  milik  Tersangka dan data transaksi keuangan Tersangka yang diperoleh dari PPATK sehingga diketahui jumlah penjualan yang dilakukan oleh Tersangka selama tahun 2005 mencapai sekitar lima puluh milyar rupiah sedangkan yang dilaporkan dalam SPT hanya  sekitar empat ratus juta rupiah saja. Tindakan tersangka tersebut diperkirakan telah mengakibatkan kerugian pada pendapatan negara sebesar Rp 6.499.115.105,00 yang terdiri dari Pajak Pertambahan Nilai (PPN) sebesar Rp 4.941. 718.055,00 dan  Pajak Penghasilan (PPh) sebesar Rp 1.557.397.050,00.

Penyidikan tindak pidana pajak ini mendapat perhatian penuh dari seluruh instansi terkait  baik Direktorat Jenderal Pajak, Kejaksaan Tinggi Kalimantan Timur maupun Kepolisian Daerah Kalimantan Timur mengingat pentingnya upaya penegakan hukum di bidang perpajakan. Penyidikan tindak pidana pajakan adalah merupakan salah satu perangkat penegakan hukum yang dimiliki oleh Direktorat Jenderal Pajak untuk meningkatkan kepatuhan masyarakat dalam memenuhi kewajiban perpajakannya dan juga untuk memenuhi rasa keadilan bagi masyarakat yang telah patuh dalam menjalankan kewajiban pajaknya.